Cellegennemtrængende peptider er små peptider, der let kan trænge ind i cellemembranen.Denne klasse af molekyler, især CPP'er med målretningsfunktioner, lover effektiv lægemiddellevering til målceller.
Derfor har forskningen på det en vis biomedicinsk betydning.I denne undersøgelse blev CPP'er med forskellige transmembrane aktiviteter undersøgt på sekvensniveau, forsøgte at finde ud af faktorerne, der påvirker CPP's transmembrane aktivitet, sekvensforskellene mellem CPP'er med forskellige aktiviteter og NonCPP'er, og introducere en metode til at analysere biologiske sekvenser.
CPPs og NonCPPs sekvenser blev opnået fra CPPsite databasen og forskellige litteraturer, og transmembrane peptider (HCPPs, MCPPs, LCPPs) med høj, medium og lav transmembran aktivitet blev ekstraheret fra CPPs sekvenserne for at konstruere datasæt.Baseret på disse datasæt blev følgende undersøgelser udført:
1, aminosyre- og sekundærstruktursammensætningen af forskellige aktive CPP'er og NonCPP'er blev analyseret ved ANOVA.Det blev fundet, at de elektrostatiske og hydrofobe interaktioner af aminosyrer spillede en vigtig rolle i den transmembrane aktivitet af CPP'er, og den spiralformede struktur og tilfældige opvikling påvirkede også CPP'ernes transmembrane aktivitet.
2. De fysiske og kemiske egenskaber og længder af CPP'er med forskellige aktiviteter blev vist på det todimensionelle plan.Det blev fundet, at CPP'er og NonCPP'er med forskellige aktiviteter kunne grupperes under nogle særlige egenskaber, og HCPP'er, MCPP'er, LCPP'er og NonCPP'er blev opdelt i tre klynger, hvilket viste deres forskelle;
3. I dette papir introduceres begrebet fysisk og kemisk tyngdepunkt af biologisk sekvens, og resterne, der udgør sekvensen, betragtes som partikelpunkter, og sekvensen abstraheres som et partikelsystem til forskning.Denne metode blev anvendt til analysen af CPP'er ved at projicere CPP'er med forskellige aktiviteter på 3D-planet ved PCA-metoden, og det blev fundet, at de fleste CPP'er klyngede sammen og nogle LCPP'er klyngede sammen med NonCPP'er.
Denne undersøgelse har implikationer for design af CPP'er og forståelse af forskellene i sekvenserne af CPP'er med forskellige aktiviteter.Derudover kan analysemetoden for fysisk og kemisk tyngdepunkt af biologiske sekvenser introduceret i dette papir også bruges til analyse af andre biologiske problemer.Samtidig kan de bruges som inputparametre for nogle biologiske klassifikationsproblemer og spille en rolle i mønstergenkendelse.
Indlægstid: 15-jun-2023